La rivalité entre la France et l'Angleterre se concentre à cette époque sur le continent africain, que les deux pays explorent et valorisent avec entrain. Dès 1894, le gouvernement français prépare une expédition dans la région du Haut-Nil que les Anglais surveillent jalousement pour protéger leurs intérêts en Egypte. Le président Felix Faure donne enfin son accord officiel le 24 février 1896.
Le capitaine Jean-Baptiste Marchand quitte Marseille en juin 1896 pour rejoindre le royaume africain de Loango, à cheval sur l'actuel Congo et le Gabon. Il rassemble son équipage qui compte douze officiers ou sous-officiers français, 150 tirailleurs sénégalais et plusieurs centaines de porteurs. Ce 7 juillet 1897, après un an d'une difficile traversée, la colonne Marchand atteint l'ancien poste de Fachoda, abandonné depuis plusieurs années par les Egyptiens. Le fortin est renommé Fort Saint-Louis.
Un accrochage aura lieu en août contre les derviches mahdistes, en guerre contre les Anglais, ce qui attirera l'attention de ces derniers sur l'avant-poste français. La crise de Fachoda ne tardera plus à éclater entre les deux pays.