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Comme tous ses confrères, Carl von Linné a été un adepte du créationnisme fixiste hérité à la fois de la théologie chrétienne et de l'aristotélisme. Ses travaux pour élaborer un système de classification solide des êtres vivants, animaux ou végétaux, se concrétisent en 1758 dans son Systema naturae. Celui-ci définit la nomenclature binomiale qui va attribuer un genre et une espèce à chaque être vivant. Le genre, premier niveau d'organisation de la Nature, est pensé comme une notion abstraite servant à regrouper plusieurs espèces partageant des traits communs. L'espèce permet de définir les caractères particuliers de plus petits groupes. Pour Linné, l'espèce est une essence spécifique, créée par Dieu et qui se transmet par la reproduction. Elle est, selon ses propres mots, "perennis et perpetua". Le nombre d'espèces a été fixé lors de la Création et puisque seul Dieu a le pouvoir de créer de nouvelles essences, ce nombre est constant au travers de l'Histoire.

Grâce à ce nouvel outil taxonomique et malgré ses limitations conceptuelles imposées par les cadres de pensée de l'époque, les naturalistes vont pouvoir commencer à organiser le vivant de manière rationnelle. Plus tard, Lamarck puis Darwin pourront développer sur ces bases les théories transformistes ou évolutionnistes qui viendront remplacer les anciens paradigmes.

Linné s'éteint à Uppsala ce 10 janvier 1778, miné par la maladie. Outre une oeuvre majeure qui va révolutionner la taxonomie, il lègue une collection de 14000 plantes et 3000 insectes qui seront regroupés à Londres par James Edward Smith et la Linnean Society of London.