Au début des années 80, le régime soviétique commence à montrer des signes d'essoufflement malgré le fervent soutien dont jouit cette dictature au sein de l'intelligentsia occidentale. Derrière le Rideau de fer, des artistes tentent la dissidence à leur façon. Chez eux, le retour à la foi religieuse est un phénomène assez marquant que Schnittke illustre à son tour en enrichissant d'éléments mystiques sa réflexion sur la musique.
Mis au ban depuis 1972 et sa Première symphonie que l'Union des compositeurs soviétiques juge peu respectueuse de l'esthétique imposée par le Parti, Schnittke a pourtant réussi à construire son propre langage musical à l'écart des écoles et des dogmes. Issu du dodécaphonisme et du sérialisme dont la rigidité le gênent, le compositeur développe une approche qu'il qualifie lui-même de polystyliste : il y exploite librement, en fonction de ses besoins expressifs, les techniques du dodécaphonisme, du sérialisme, du tonalisme ou du microtonalisme. Le résultat déplait naturellement aux institutions soviétiques qui le mettent au ban. Dans l'Europe libre, son sort n'est guère plus enviable puisque, faute d'appartenir aux chapelles d'avant-garde qui se partagent le terrain, Schnittke est aussi peu joué chez nous.
Frappé par une série d'hémorragies cérébrales dans les années 80, Schnittke aborde très amoindri la dernière décennie du siècle. A moitié paralysé, privé de la parole, il continue pourtant à composer avec acharnement, comme s'il cherchait à rattraper le temps perdu sous la censure des années soviétiques. Il s'éteint à Hambourg ce 3 août 1998 en nous laissant un catalogue assez varié allant de la musique de chambre à l'opéra et même des musiques de films. Schnittke fait désormais partie des grands classiques du répertoire. Parmi ses oeuvres, 10 symphonies dont la dernière, la Symphonie n°9, est laissée inachevée à sa mort. C'est un jeune compositeur russe, Alexander Raskatov (1953-) qui se chargera d'en terminer le travail.