La deuxième moitié de la vie de Mendelssohn est celle du musicien officiel. En 1835, il occupe le poste de directeur du Gewandhaus de Leipzig, le plus ancien orchestre européen encore en activité aujourd'hui. Mendelssohn est à cette époque un musicien aussi réputé comme chef d'orchestre que comme compositeur. Dans le premier rôle, il élargira considérablement le répertoire de ce vénérable orchestre dont il va faire la meilleure phalange européenne de l'époque. On y joue Bach, naturellement, dont Mendelssohn avait exhumé en 1829 la Passion selon Saint Matthieu, mais aussi d'autres compositeurs enfin sauvés de l'oubli qui les menaçait : Palestrina, Haendel sont au programme mais aussi nombre d'oeuvres contemporaines dont celles de Berlioz, Schubert, Beethoven, Schumann, autant de sommités qui rendront bientôt à Mendelssohn des hommages admiratifs. Le musicologue Marcel Beaufils dira de lui qu'il est "à la fois le témoin des solidités anciennes et l'initiateur romantique [...]. La féerie, le surnaturel, l'intériorité nostalgique opèrent chez lui avec des moyens loyaux, merveilleusement dépouillés".
Ce qui frappe dans le style de Mendelssohn c'est en effet l'élégance de l'orchestration, la clarté de l'architecture, la vivacité et la légèreté des rythmes qu'il insuffle à ses mélodies. Héritier de la tradition classique qu'il illuste avec la redécouverte de Bach, Mendelssohn fait le pont entre ce formalisme rigoureux et la pulsation plus charnelle du romantisme européen, il réconcilie dans la musique de son époque l'apolinien et le dyonisiaque, le tout sans la moindre faute de goût.
Dans ses dernières années, Meldelssohn livre la plupart de ses grandes symphonies pour orchestre complet, la douzaine pour orchestre à codres datant de sa prime jeunesse. Il y joint des oeuvres vocales ou de chambre qui, toutes, témoignent de cette sensibilité pudique, lumineuse, à laquelle on reconnait sa patte. Il a pourtant connu des drames, le plus cruel d'entre eux étant sans doute le décès de sa soeur Fanny, terrassée en 1841 par une apoplexie. Une attaque emporte Felix Mendelssohn à son tour ce 4 novembre 1847. On l'enterre à Leipzig mais c'est toute l'Europe qui lui rendra hommage.
Très peu de temps après son oratorio Elias (1846), Mendelssohn avait encore livré ces 3 motets op. 69.